Trong quá trình quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN), chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân là tài liệu quan trọng giúp người nộp thuế chứng minh số tiền đã bị khấu trừ tại nguồn. Tuy nhiên, không phải ai cũng hiểu rõ chứng từ khấu trừ thuế TNCN là gì? Trường hợp nào phải cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN và các quy định liên quan?

1. Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân là gì?

Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (Certificate of personal income tax withholding) là một loại giấy tờ do tổ chức hoặc cá nhân trả thu nhập cấp cho người lao động bị khấu trừ thuế TNCN để ghi nhận thông tin về khoản thuế TNCN đã khấu trừ.

Hiện nay, có hai dạng chứng từ khấu trừ thuế TNCN gồm:

1) Chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử: hiện nay được sử dụng phổ biến do nhu cầu quản lý, lưu trữ điện tử và các yếu tố từ quy định pháp lý.

2) Chứng từ khấu trừ thuế TNCN giấy: ít được sử dụng.

Chứng từ khấu trừ thuế TNCN là căn cứ quan trọng để người nộp thuế thực hiện quyết toán thuế cuối năm, đồng thời được sử dụng khi làm hồ sơ hoàn thuế hoặc giảm trừ thuế nếu có.

2. Trường hợp nào phải cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN?

Căn cứ theo Điểm a, Khoản 2, Điều 25, Thông tư 111/2013/TT-BTC quy định về việc cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN như sau:

“Tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại khoản 1, Điều này phải cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ.”

Như vậy, tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế theo quy định phải cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN khi cá nhân bị khấu trừ thuế yêu cầu. Cá nhân sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN này để trực tiếp quyết toán với cơ quan thuế hoặc xuất trình khi có yêu cầu thanh tra kiểm tra.

Trường hợp tổ chức, đơn vị trả thu nhập không cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân do đã chấm dứt hoạt động thì cơ quan thuế căn cứ cơ sở dữ liệu của ngành thuế để xem xét xử lý hồ sơ quyết toán thuế cho cá nhân mà không bắt buộc phải có chứng từ khấu trừ thuế.

3. Nội dung của chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Nội dung của chứng từ khấu trừ thuế TNCN tuân thủ quy định tại Điều 32, Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi bổ sung tại Khoản 18, Điều 1, Nghị định 70/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ 01/06/2025) gồm:

Lưu ý: Trường hợp sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử thì chữ ký trên chứng từ điện tử là chữ ký số.

4. Thời điểm lập và cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Việc xác định đúng thời điểm lập và cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN sẽ giúp doanh nghiệp, đơn vị tránh được các rủi ro liên quan đến thuế và hóa đơn, chứng từ. Bên cạnh đó, công tác quản lý chứng từ khấu trừ thuế TNCN cũng dễ dàng thuận lợi hơn.

4.1 Thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Căn cứ theo Điều 31, Nghị định 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bổ sung tại Khoản 17, Điều 1, Nghị định 70/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/06/2025) thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN được quy định như sau:

- Tại thời điểm khấu trừ thuế TNCN tổ chức khấu trừ thuế TNCN phải lập chứng từ, biên lai giao cho người có thu nhập bị khấu trừ thuế.

- Thời điểm ký số trên chứng từ là thời điểm tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế TNCN sử dụng chữ ký số để ký trên chứng từ điện tử. Thời điểm ký số được hiển thị theo định dạng ngày, tháng, năm của năm dương lịch.

4.2 Cấp chứng từ khấu trừ thuế trong một số trường hợp cụ thể

Việc cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN được thực hiện theo quy định của Pháp luật. Theo đó, người trả thu nhập có thể cấp chứng từ ngay sau khi lập, hoặc cấp vào thời điểm cá nhân có thu nhập bị khấu trừ yêu cầu.

Trong một số trường hợp cụ thể, chứng từ thuế TNCN được cấp như sau:

1) Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng: Cá nhân có quyền yêu cầu tổ chức, cá nhân trả thu nhập cấp chứng từ khấu trừ cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một kỳ tính thuế.

2) Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ cấp cho cá nhân một chứng từ khấu trừ trong một kỳ tính thuế.

Lưu ý: Thời điểm lập chứng từ và cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN có thể khác nhau tùy thuộc vào yêu cầu của người có thu nhập bị khấu trừ. Nếu cá nhân có thu nhập bị khấu trừ không yêu cầu, người trả thu nhập không bắt buộc phải cấp chứng từ.

5. Quy định xử lý chứng từ khấu trừ thuế TNCN đã lập sai 

Trường hợp chứng từ điện tử đã lập sai thì tổ chức khấu trừ thuế thực hiện xử lý chứng từ điện tử đã lập theo nguyên tắc tương tự xử lý hóa đơn điện tử đã lập quy định tại Khoản 13, Điều 1, Nghị định 70/2025/NĐ-CP (sửa đổi Điều 19, Nghị định 123/2020/NĐ-CP). Cụ thể:

(1) Trường hợp có sai về tên, địa chỉ của người bị khấu trừ nhưng không sai mã số thuế, các nội dung khác không sai.

- Tổ chức trả thu nhập thông báo cho người bị khấu trừ thuế về việc chứng từ đã lập sai.

- Tổ chức khấu trừ thực hiện thông báo với cơ quan thuế về chứng từ đã lập sai theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT Phụ lục I A ban hành kèm theo Nghị định này.

(2) Trường hợp có sai: mã số thuế; sai về số tiền ghi trên chứng từ, sai về thuế suất, tiền thuế có thể lựa chọn điều chỉnh hoặc thay thế chứng từ.

- Trường hợp lập chứng từ điều chỉnh chứng từ khấu trừ thuế TNCN đã lập sai: Chứng từ điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập sai phải có dòng chữ “Điều chỉnh cho chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân: Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm”.

- Trường hợp lập chứng từ mới thay thế cho hóa đơn điện tử lập sai: Chứng từ mới thay thế chứng từ thuế thu nhập cá nhân đã lập sai phải có dòng chữ “Thay thế cho chứng từ thuế TNCN Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm”.

Trên đây là những chia sẻ từ Phần mềm ECN về những cập nhật mới liên quan đến chứng từ khấu trừ thuế TNCN năm 2025. Việc hiểu rõ quy định về chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân không chỉ giúp giúp cá nhân chủ động trong kê khai và quyết toán thuế, đảm bảo quyền lợi khi thực hiện hoàn thuế hoặc miễn giảm thuế mà còn giúp doanh nghiệp quản lý, kê khai thuế hiệu quả. Các tổ chức cá nhân trả thu nhập lưu ý cấp chứng từ khấu trừ thuế theo quy định của pháp luật về thuế TNCN để đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật tránh các rủi ro dẫn đến bị phạt.

Thu Hương